void Cambiar()
{	
 
        char *buf;
 
        ifstream fichero_original; //Declaramos una variable para el fichero original
	ofstream fichero_final; //Declaramos una variable para el archivo que crearemos
 
 
	fichero_original.open("hola.txt", ios::binary); //Abrimos el archivo original en binario
	noskipws(fichero_original); //Leemos el archivo incluidos los espacios
 
	fichero_final.open("adios.txt", ofstream::binary); //Abrimos el archivo que estamos creando
 
	// Obtengamos tamaño fichero
 
	fichero_original.seekg(0,ios::end);
	unsigned long Tamanyo = fichero_original.tellg();
	fichero_original.seekg(0,ios::beg);
	buf = new char[Tamanyo];
 
 
        fichero_original.read(buf,Tamanyo); // Guardamos el archivo en buf
	fichero_original.close(); //Cerramos el fichero original
 
        buf[0]='R'; // primer caracter cambiado
        buf[1]='I'; // segundo caracter cambiado
 
        fichero_final << buf; // Escribimos el contenido de buf
        fichero_final.close(); //Cerramos el nuevo fichero
 
}

Le he quitado cosas a la función y eso, y el archivo al que le intento cambiar las dos primeras letras es un archivo que pesa 2 Mb... 

void Cambiar()
{
 
char *buf;
char caracter;
ifstream fichero_original("notepad.exe", ios::binary); //Declaramos una variable para el fichero original
fichero_original.seekg(0,ios::end);
unsigned long Tamanyo = fichero_original.tellg();
fichero_original.seekg(0,ios::beg);
buf = new char[Tamanyo];
 
 
fichero_original.read(buf,Tamanyo); // Guardamos el archivo en buf
fichero_original.close(); //Cerramos el fichero original
ofstream fichero_final("adios.exe", ios::binary); //Abrimos el archivo que estamos creando
 
       buf[0]='R'; // primer caracter cambiado
       buf[1]='I'; // segundo caracter cambiado
fichero_final.write(buf,Tamanyo);
 
       fichero_final.close(); //Cerramos el nuevo fichero
 
}