Para medirlo dentro del programa, cualquier zona de código, basta cojer en un punto el "tiempo", y tras hacer las operaciones que quieras, volverlo a medir y restar:

#include <iostream>
#include <ctime>
 
using namespace std;
 
int main(){
    clock_t cl = clock();
 
    // Operaciones
 
    cout << (clock()-cl)*1000/CLOCKS_PER_SEC << "ms" << endl;
}

clock() te devuelve un "tiempo" relativo al comienzo del programa (más o menos). Si lo vuelves a llamar y los restas, obtendrás la diferencia.

No sé si trabajar con C o con C++. En C++11 o superior también existe std::chrono::high_resolution_clock. Entre otros.