Cada vez que lees o escribes estás modificando el puntero interno del fichero.

Quiero decir... cuando tu abres un archivo, internamente se crea un puntero de posición. Este puntero es el que indica a partir de donde se van a iniciar las operaciones de lectura / escritura. Cuando tu realizas una de estas operaciones sobre el fichero, dicho puntero se actualiza. Esta es la razón por la que sucesivas escrituras no machacan la misma información sino que se concatenan.

Tu estás leyendo un carácter y, si éste es un '1', escribes un '5' en el fichero. El problema es que al lanzar la operación de lectura el puntero interno ha avanzado una posición y el '5' machaca la posición siguiente.

Para evitar esto tienes que hacer esto:

fread(&letra,sizeof(char),1,fd);
            if(letra == '1')
            {
                fseek( fd, -1, SEEK_CUR );
                 letra = '5';
                fwrite(fd,sizeof(char),1,letra);
            }

De esta forma vuelves a posicionar el puntero sobre el carácter '1' y la operación de escritura machacará dicho carácter.

No he compilado el código, pero debería funcionar.

Gracias por sus respuestas, le habia hecho al codigo unos cambio de los que me habian dicho, pero ahora sucede que aunque el programa si cambia los 1's por los 5's ahora se cicla infinitamente, y creo que el problema esta en el fseek, porque le puse un contador en el ciclo para que me contara cuantos unos aparecian en el texto y si le ponia fseek no me imprimia nada y si se lo quitaba ya me imprimia correctamente

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <unistd.h>
 
/*
    Objetivo de la prueba: En una archivo de texto que contiene caracteres alfanuméricos,
    intercambiar el  ‘1’ por el  ‘ 5’ en donde quiera que ocurra esa incidencia en el documento.
    El archivo debe aparecer sin ningún 1, y en su lugar los cincos equivalentes.
*/
 
int main()
{
   FILE *fd;
   char letra;
   int i = 0;
   if((fd = fopen("F:\\archivo2.txt","r+"))!=NULL)
   {
       while(!feof(fd))
       {
           fread(&letra,sizeof(char),1,fd);
           if(letra == '1')
           {
               fseek(fd,-1,SEEK_CUR);
               letra = '5';
               fwrite(&letra,sizeof(char),1,fd);
               i++;
           }
       }
       printf("%d",i);
   }
   else
      printf("No se pudo abrir el archivo");
   return 0;
}
 

En realidad ese printf y el contador ps no sirven para nada, solo queria saber si me estaba contando bien cuantos unos habia, pero ahora ya me di cuenta que el fseek no es el problema!! el problema es cuando le asigno a letra un nuevo valor o en el fwrite, no se bien

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <unistd.h>
 
/*
    Objetivo de la prueba: En una archivo de texto que contiene caracteres alfanuméricos,
    intercambiar el  ‘1’ por el  ‘ 5’ en donde quiera que ocurra esa incidencia en el documento.
    El archivo debe aparecer sin ningún 1, y en su lugar los cincos equivalentes.
*/
 
int main()
{
   FILE *fd;
   char letra;
   int n;
   if((fd = fopen("F:\\archivo2.txt","r+"))!=NULL)
   {
          fread(&letra,sizeof(char),1,fd);
           if(letra == '1')
           {
               fseek(fd,-1,SEEK_CUR);
               letra = '5';
               printf("%c",fgetc(fd));
   }
   else
      printf("No se pudo abrir el archivo");
   return 0;
}
 

en el printf que tiene el fgetc  queria ver si la variable letra habia cambiado a 5 pero ya vi que me sigue imprimiendo los unos, me imagino que por ahi esta el problema

El problema se debe a que en los modos de actualización ("r+", "w+" y "a+") las operaciones de lectura y escritura no pueden realizarse una inmediatamente después de la otra. Siempre después de una operación de lectura se debe indicar la posición en el archivo mediante fseek o rewind si la intención es continuar con una operación de escritura (y al revés): lectura <==> posicionamiento <==> escritura.

En tu caso eso no sucede porque si el carácter '1' se encuentra en el archivo lo sobrescribes con un '5' y a continuación (en la siguiente iteración del bucle) tratas de leer el siguiente carácter, ahí falta la mentada llamada a función.

Para que el programa funcione correctamente se puede utilizar la función ftell para obtener las posiciones antes y después de la lectura del carácter:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
 
int main(void)
{
   FILE *stream;
   long a;
   long b;
   char ch;
 
   if ((stream = fopen("Entrada.txt", "r+")) != NULL){
      while (a = ftell(stream), fread(&ch, 1, 1, stream) == 1){
         if (ch == '1'){
            b = ftell(stream);
 
            fseek(stream, a, SEEK_SET);
            ch = '5';
            fwrite(&ch, 1, 1, stream);
            fseek(stream, b, SEEK_SET);
         }
      }
 
      fclose(stream);
   }
 
   return 0;
}

Un saludo

Porque no sabemos de antemano si el carácter que vamos a leer cumplirá o no con la condición, si es igual a '1' debemos regresar a la posición anterior (ftell + fseek) y sobrescribir ese carácter (fwrite).

Un saludo