Cualquier función de la estándar es portable a cualquier sistema.

cin.get(); es un sustituto de pause. De limpiar no conozco ninguno, aunque puedes utilizar Compilación Condicional.

Está tirado:

void LimpiarPantalla()
{
    #ifdef _WIN32
    system("CLS");
    #else
    system("clear");
    #endif
}

Esto se interpetra así: "Sí estás en una plataforma Windows, compila este código, si no lo estás compila este otro".

Puedes ver los #define de los distintos sistemas operativos aquí:
http://sourceforge.net/p/predef/wiki/OperatingSystems/

Aunque nada te impide a crearte los tuyos propios:

#define WINDOWS 
 
void LimpiarPantalla()
{
    #ifdef WINDOWS
    system("CLS");
    #else
    system("clear");
    #endif
}

Cuando no estemos en Windows, quitamos el define y ya está.

O bien, en vez de poner el #define en el código nos vamos a project -> build options -> #defines y ponemos: WINDOWS.

Puede ser incluso más interesante crear dos opciones de construcción: Release Windows y Release Linux. En cada una ponemos nuestro #define correspondiente.

Muchas gracias amchacon, creo que eso venía a ser lo que buscaba.
Eferion, gracias también, ya que tengo varios system("cls"), y ayudará bastante.