Bueno otra vez yo molestado :/

se puede correr un progrma dentro de un menu

Gracias

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <conio.h>
 
void main(){
     char op='s';
     char a='a';
     char continuar='o';
     do{
          printf("**Bienvenido**\n");
          printf("1-Metodos De Ordenamiento\n");
          printf("2-Metodos De Busqueda\n");
          printf("3 -Salir\n");
          scanf("%c", &op);
          switch(op){ //este es el switch del menu principal
               case '1':
               printf("**Metodos De Ordenamiento**\n");
               printf("1- Burbuja\n");
               printf("2- Quiksort\n");
               scanf("%c", &a);
               switch(a){ //este es el switch de sub menu de ordenamiento.
                    case '1':
                    printf("Burbuja \n"); //aqui llamaria a la funcion burbuja.
                    break; //despues de cada case debe poner un break.
 
                    case '2':
                    printf("Quiksort \n"); //aqui llamaria a la funcion quilsort
                    break;
 
               } //aqui termina el switch del sub mmenu de ordenamiento.
               break; //aqui termina el case del MENU PRINCIPAL!
 
               case '2':
               printf("Busqueda. \n");
               //Aqui anida otro sqitch case.
               break;
 
               case '3':
               printf("Gracias... \n");
               continuar = 'S';
               break;
 
               default:
               printf("Opcion invalida\n");
               break;
          }
          system("pause");
          system("cls");
     }while(continuar != 's' && continuar != 'S');
}

Yo tengo ese codigo pero cuando le en la opcion de burbuja el programa de la burbuja debe de correr
me explico?? xD

Me imagino que lo que tratas de hacer es una vez que, digamos, selecciones la opción burbuja, se ejecute todo el procedimiento.
Para llamar a una función seria mas o menos esto:

case '1':
                    printf("Burbuja \n"); //aqui solo imprime Burbuja
                    metodo_burbuja(); // Realmente aqui se llama a la funcion (supongo que no necesita argumentos)
                    break; //despues de cada case debe poner un break.

Espero haberte ayudado

En el caso de que necesites que se ejecute otro programa externo investiga sobre la librería execv como dice enrmarc (no la conozco)

No encuentro por que la falla, pero lo seguire pensando (esta es una respuesta rapida) 
Te recomiendo que metas todo esto en una función para que después la llames y asi sea más fácil de leer tu código   

 
//TODO ESTO EN UNA FUNCION
           printf("Burbuja \n");
                    	#define TAM 10000
	int a[TAM], temp, i, j;
 
	clrscr();
 
	randomize(); //Inicializa el generador de numeros aleatorios
 
	printf ("Llenando arreglo con números aleatorios\n");
 
	for (i=0; i< TAM; i++)
		a[i]=random(10000);
 
	//Implementacion de Ordenamiento por burbuja de mayor a menor
 
	for (j=1; j <= TAM; j++)
 
		for (i=0; i< TAM-1; i++)
 
			if (a[i] < a[i+1]){
 
				temp = a[i];
				a[i] = a[i+1];
				a[i+1] = temp;
			}
 
	printf ("\nArreglo ordenado\n");
 
	for (i=0; i< TAM; i++)
		printf ("a[%d] = %d\n", i, a[i]);
 
                    break;