Vas sumando los valores en una sola variable. Y luego dividis esa variable por la cantidad de valores ingresados.
Si lo hacés con un while/for/etc. en cada vuelta sumás el valor y al final lo dividis por la cantidad de vueltas.

Podés hacerlo de muchas formas. Supongamos que quieras hacerlo con un vector/array de dos elementos.
Tendrías algo como int array[2]; . En cada vuelta del ciclo asignás el número ingresado en la posición correspondiente del array. Primero se ingresa en la posición cero, después en la posición uno, si hay otra vuelta más se ingresa nuevamente en la posición cero,  si hay otra vuelta luego se asigna el nuevo valor en la posición uno. De esta forma se sobrescribe el valor anterior dejando siempre los últimos dos números ingresados.
Al finalizar el ciclo simplemente mostrarías ( array[0] + array[1] ) / 2;

Se entiende ?

http://foro.elhacker.net/programacion_cc/ayuda_programa-t375737.0.html
Saludos!.