la variable año la tengo como año solo que se ha cambiado al pasarlo aqui. El problema que tengo es que al compilar y ejecutar puede ingresar datos pero luego al querer escribir la lista me salta que esta vacía cuando en realidad he introducido datos.

Si estás usando un IDE decente como CLion te debería mandar la alerta en la línea 44:

Expression of type 'Lista**' is implicitly converted to incompatible pointer type 'Lista*'

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#define N 20
struct Fecha {
    int dia, mes, anio;
};
struct Lista {
    int tam; //Cantidad de valores del array siguiente
    struct Fecha vectorFechas[N];     // Array de fechas
};
void rellenar_lista(struct Lista *l);
void escribir_lista(struct Lista l);
int insertar(struct Lista *l,struct Fecha f);
int main()
{
    struct Lista l;
    l.tam=0;
    rellenar_lista(&l);
    escribir_lista(l);
    return 0;
}
 
int insertar(struct Lista *l,struct Fecha f){
    int insertado=1;
    if(l->tam<N){
        l->vectorFechas[l->tam].dia=f.dia;
        l->vectorFechas[l->tam].mes=f.mes;
        l->vectorFechas[l->tam].anio=f.anio;
        l->tam++;
    }else{insertado=0;}
    return insertado;
}
void rellenar_lista(struct Lista *l){
    int acabar=0;
    struct Fecha f;
    printf("Introduce fechas, 0 0 0 para acabar.");
    do{
        printf("\nIntroduce dia, mes y anio: ");
        scanf("%d %d %d",&f.dia,&f.mes,&f.anio);
        if(f.dia==0 && f.mes==0 && f.anio==0){
            acabar=1;
        }
        else{
            insertar(&l,f);
        }
    }while(!acabar);
}
void escribir_lista(struct Lista l){
    int i;
    if(l.tam!=0){
        for(i=0;i<l.tam;i++){
            printf("\n\t%02d/%02d/%d",l.vectorFechas[i].dia,l.vectorFechas[i].mes,l.vectorFechas[i].anio);
        }
    }else{printf("\nLista vacia");}
}

Si analizas:

void rellenar_lista(struct Lista *l){
    int acabar=0;
    struct Fecha f;
    printf("Introduce fechas, 0 0 0 para acabar.");
    do{
        printf("\nIntroduce dia, mes y anio: ");
        scanf("%d %d %d",&f.dia,&f.mes,&f.anio);
        if(f.dia==0 && f.mes==0 && f.anio==0){
            acabar=1;
        }
        else{
            insertar(&l,f);
        }
    }while(!acabar);
}

Ves que esta función recibe como parámetro una estructura como puntero, luego en su línea 12 llamas a la función/procedimiento: insertar quien recibe como parámetros un puntero a una estructura y una estructura: int insertar(struct Lista *l,struct Fecha f){

Es detalle es que l en la función/procedimiento rellenar_lista ya es un puntero y a insertar le estarías enviando el puntero del puntero de l

Solución: Reemplaza tu línea 44 a:

insertar(l,f);

Porque l ya es un puntero y es lo que necesita esa función, y f es una estructura tal cual requiere también esa función

Lo raro es que CLion no se hace problemas y compila/ejecuta tranquilamente variables con ñ XD.

Le echaré un ojo al corrector, no veo que esté mal si ignora lo que sea código o geshi, pero si lo hace mejor lo deshabilito

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Sí lo reemplaza sin importar donde se ponga, mmm... considerando de que anio se usa más a propósito y que el reemplazo se hace siempre mejor "deshabilito" esa regla. Salvo que la gente empiece a abusar de su uso indebido no debería haber problemas XD

Es verdad que no es recomendable usar eñes o acentos en los nombres de identificadores. Y eso que desde hace más de 10 años los estándares de C y C++ definen un buen rango de caracteres Unicode válidos, entre los cuales están vocales con acento y la ñ, por lo que no tiene nada de extraño que los compiladores modernos los acepten, de hecho es lo esperado. El problema viene más bien con los editores de código y los IDEs, pues aunque la mayoría trabajan sin problemas con Unicode, hay que asegurarse de que usen exactamente la misma codificación que el compilador que vamos a usar. En cambio, si nos limitamos únicamente a los caracteres ASCII estándar de toda la vida, nunca tendremos problemas.

Y por cierto, no confundamos compiladores con IDEs, que son cosas completamente diferentes. Eso ocasiona muchos problemas entre principiantes. Aquí mismo en el foro he visto cualquier cantidad de hilos donde el problema es justo ése, y luego les dan "soluciones" completamente erróneas debido a que ni quien preguntó ni quien contestó entendían esa diferencia. CLion es sólo un IDE. Los compiladores son GCC, Clang, Visual C++, MinGW, entre otros, y los IDEs simplemente los invocan, evitándonos teclear comandos. Si en Windows CLion incluye MinGW, es sólo para conveniencia del usuario, ya que son herramientas completamente independientes. La idea es que cada uno configure su IDE para que use el compilador que prefiera. Incluso en el caso del propio CLion, si lo usamos con MSVC, es casi seguro que el código con eñes así, de inicio, no va a compilar, ya que, a diferencia de MinGW, MSVC espera que los archivos fuente, si tienen caracteres no ASCII, incluyan marca de orden de bytes, pero los editores/IDEs no suelen ponerla de forma predeterminada, por lo que habría que cambiar manualmente eso en la configuración.

Pero reitero, si omitimos caracteres "especiales", nos facilitamos mucho las cosas y ni siquiera necesitamos saber nada de lo anterior. Bueno, salvo la distinción IDE/compilador: eso sí es indispensable tenerlo bien claro, especialmente si programamos en C o C++.