creo que tenés un concepto equivocado sobre python, no es tan así que existen maneras correctas o incorrectas, en realidad existen maneras diferentes con respecto a la forma de plantear el código. Pasa lo mismo con el término elegante o no , eso es subjetivo, no a todos nos gusta o parece elegante lo mismo. En cuanto a sencillez, no hay una forma específica de crear un menú, hay muchisimas formas.
En cuanto a tu código, soy partidario de usar diccionarios en menus, ya que después facilita mucho el uso con clases.
lo único que no entiendo porque la necesidad de 3 print seguidos si podrías:

print('''[1] Empezar
[2] Opciones
[3] Salir''')
 

Saludos.

%s y %r eran basicamente lo mismo, y se solía usar %s para cadenas y %r para palabras
y %r está representando a la cadena, palabra de hilarious en este caso False, no recuerdo bien porque hace años que no uso 2.7

te diré varias cosas:
1) voy a suponer que es python 3.x ya que en ningún lugar lo dice
2)no muestras cual error te da, así  que lo que sigue es por simple observación
3)hay que declarar el código utf-8
4)hay que importar el modulo math
5)hay graves errores de indentación ya que hay variables declaradas fuera de la función
5)no creo que alguien adivine cual es el problema sino sos más claro

guarda que no puedas modificar los datos, no necesariamente es por un packer, que sospecho si tiene tantos protectores quiza este protegido en sus secciones, deberías verificarlo con el editor que usas.

podrías empezar haciendo un miniexplorador de archivos, para ello usar alguna interfaz gráfica, tipo glade,pyqt, etc. todo dependiendo de la versión de python y el entorno elegido. en cuanto a la transferencia es un tema aparte, ya que también depende de variables a tu elección. Ve por partes, primero el explorador, después vemos.

no entiendo bien la pregunta ¿dónde no pódes escribir ñ?
supongo que es en algún editor, si es así es porque depende de cada editor, el de ide propio de python lo permite, sino tendrás que usar en el editor:

#-*- coding: utf-8 -*-

y como cuando lo ejecutas lo muestra supongo que estás usando python 3.x
cuando preguntes de python es importante aclarar sobre todo la versión y a veces el S.O

está bueno que tengas la iniciativa de mostrar el uso de este módulo, y ya que usaste:

habría que mecionar que se puede cambiar el formato(la extensión) con la misma sentencia:

cv2.imwrite("imagen_color.jpg",imagen)

y con esto convertimos de png a jpg ya que se pueden usar basicamente bmp,tiff,jpg,png. con la consiguiente variación de tamaño(peso,kb) para cada caso.

como ya te han dicho deberías entender más del uso de olly y en este caso de las funciones propias de vb en esta parte que supongo es la que te referís:
52                    push edx
00404E83   .  56                    push esi
00404E84   .  C746 34 0DF0D1BA      mov dword ptr ds:[esi+34],BAD1F00D                                                 
00404E8B   .  C746 38 01ADDE10      mov dword ptr ds:[esi+38],10DEAD01                                                 
00404E92   .  C746 3C EFBE1010      mov dword ptr ds:[esi+3C],1010BEEF                                                   
00404E99   .  C746 40 D0BA0110      mov dword ptr ds:[esi+40],1001BAD0                                                   
00404EA0   .  FF91 2C070000         call ds:[ecx+72C]  hace un llamado a lo que haya en esa dirección
00404EA6   .  3BC7                  cmp eax,edi     compara el valor de los registros
00404EA8   .  DBE2                  fclex   basicamente limpia las excepciones
00404EAA   .  7D 12                 jge short T0RNAD0'.00404EBE salta si es más grande
                                              etc...

usando olly, sabiendo lo mínimo de asm y de vb6 podrías entender que hace.

en muchos ni siquiera hace falta ser root, simplemente reiniciando el aparato con la combinación de subir o bajar volumen ya se puede optar por volver a ajustes de fábrica.

supongo que depende de las leyes de cada país, pero:
en derecho esa es una pregunta que se puede entender como una falacia de pregunta compleja, lo cual lleva a que no pueda ser tomada como válida.