A la instrucción Put o Get según el tipo de variable que le pases es lo que va a escribir o leer en el archivo, respectivamente.
Si le pasas un Integer va a leer/escribir dos bytes, si le pasas un Long va a leer/escribir 4 bytes. Entonces si sólo querés que modifique 1 byte tendrías que guardar los datos en una variable de tipo Byte.
Dim btData As Byte
Open "programa.exe" For Binary As #1
btData = &H7E
Put #1, &H4C663, btData
Close #1
En ese caso sólo escribirá un byte.
Saludos.