Me limitaré a ayudarte teniendo en cuenta la última frase:
Citar
Esto lo hago porque quiero impedir que algunos usuarios puedan tener acceso al servidor, apache y demás...
Mediante reglas del IpTables puedes restringir acceso a tus servidores. Si quieres aumentar la seguridad, puedes instalar un IDS (Nagios, etc).