Muchos (supongo que todos) los programas especializado en gráficos como el corel, el photoshop, entre otros, tienen la opcion de grabar en formato gif, asi como elegir un color de la imagen para hacerla transparente. Busca en la ayuda del programa que usas para saber como hacerlo.
Otra opción es descargar el
Giffy de la siguiente página
http://www.emu8086.com/giffy/Ejecutas el programa, abres una imagen (Load GIF), marcas la casilla "Transparent", y con el cursor marcas en tu dibujo la parte que desees sea transparente (o mejor dicho el color que desees se haga transparente), lo grabas con "Save GIF" y listo.
SUERTE.