Para mi está clarísimo... es pseudocódigo, no hay mucho que analizar...

LEER(A), es leer y almacenar en A un dato ingresado por el usuario.

El subprograma, devuelve la suma de A y B, luego el programa principal, la muestra.

Bien hagamos lo siguiente:

Matriz de 2x2:

[] [] [] []
[] [] [] []

El usuario ingresa el Nº10

[10] [1000] [12] [A]
[] [] [] []

Así debería quedar?

Vale la opinión de todos.

No entiendo muy bien...

Te refieres a:

matriz[1][1] = "2,10,2" //Decimal,Binario,Hexadecimal

O tal vez:

matriz[1][1] = 2
matriz[1][2] = 10
matriz[1][2] = 2

Qué recomendarían? Python + QT o Python + TCL/TK.

Sé que la principal diferencia es que el primero debe ser compilado, y el segundo es interpretado, con la que estaría muy en juego la velocidad...

Perfect.

De wiki 

No me parece necesario. Coincido totalmente en que la documentación de msdn, y en algunos casos las api's existentes en linux u otro OS, son suficientes para aprender a utilizarlas. Sólo basta con saber interpretar los parámetros, y conocer el sistema operativo donde se está programando.

En general un sistema de ecucaciones es un sistema con m ecuaciones y n incógnitas... Lo cuál te permitirá generalizar tu caso para varias ecucaciones.... Ahora bien, si trasladas tu sistema a una matriz, podrás ver que la forma de calcular la incógnita es la misma que calculando para varias ecuaciones con una sola "x". Deberás tener en cuenta si el sistema es homogéneo o no, para ver si tu sistema antes que nada posee o no solución. Una sugerencia: busca sobre el teorema de Roché Frobeniuss...

No sé si es la mejor opción computacional, pero la verdad que en cuanto a matemáticas es lo mejor que puedes hacer.

Lo más recomendable sería usar el concepto de sistema de ecuaciones. Podrías utilizar el método de gauss, hallando un cuadro de números y resolviendo tal... es sólo una idea.