ahora si lo vi! lo que estás haciendo es creando pero como string...
incluso lo formaste como html
//echo "<a href='".$ruta."/".$archivo."' title='".$archivo."'>".$archivo."</a>";
$modulos = "\$conf['$nombremod'] = array( 'archivo' => '$archivo' );<br/>";
print "$modulos";
}
creo que lo que quieres es
$modulos = $conf[$nombremod] = array( 'archivo' => $archivo ); }
y luego haces lo que tengas que hacer con los modulos cargados