no veo repeticiones, con el cambio de codigo ya no te quedan inversiones
nada de (3,4,5) (4,3,5)
por cierto... liContador3 tambien debería ser inicialmente = liContador1, ya que nunca la suma de los cuadrados nunca será menor que ninguno de los valores
ahora solo te falta imprimir solo las primitivas y terminaste... y por lo que veo no estás intentando lo que ya te he dicho
mira lo que dice la teoría sobre la primitiva y aplica lo que la hace primitiva...
la teoria está en wikipedia