hasta donde se skype no tiene vulnerabilidades tan grandes como para tomar el control del pc por skype, su mayor vulnerabilidad es revelar la ip
"abrir puertos" no es lo que te hace vulnerable, un puerto, no es como una puerta física... cuando "se abre un puerto" es que un programa se puso ahí a la escucha de instrucciones... skype claramente abre puertos, pero para el escuchar, no pone a más nadie en eso y si estás detrás de un router, las comunicaciones solo llegarán desde las ip de microsoft por la naturaleza de funcionamiento del router...
para infectar las dll se necesita elevamientos de privilegios, que no es tan fácil de hacer sin decirle "si" a la pantallita que sale diciéndote que un programa trata de hacer cosas, sin contar que no es fácil, si fuera tan simple los troyanos solo las infectaran, se borraran y listo... y no es algo que pase con nada de frecuencia... y si infectaron drivers, realmente eres un objetivo que vale mucho dinero XD eso no es fácil, genérico, ni rápido... lo unico que falto decirte es que te infectaron el mbr y la bios, que entonces tienes que cambiar de pc y destruir el discoduro...
por otro lado en el netstat no se ve nada, puedes detallarlo más usando "-a -b -n" para que muestra los programas asociados a esos puertos (si lo colocas por favor usa una etiqueta de código, la que tiene el símbolo #) el monton de conexiones de puertos 53xxx y 55xxx deben ser el navegador... por la forma, chrome, (las ip de llegada, son puras puerto 80 y 443, que son http y https) de resto solo hay un 139, pero no está conectado a nadie...
en tal caso lo que tienes que subir para ver si estás infectado es un log de
hijack this, subelo a pastebin y deja el log para que lo revisen... ahí debería verse algo raro