Sí, pero cada vez que alguien pregunta se aplaza una semana más.

Le siguen "dando" 

Saludos

http://php.net/manual/en/book.mcrypt.php

talvez esa librería cumple con lo que quieres talvez no puedas cifrar el archivo, pero si el contenido del archivo...

      function fnEncrypt($sValue, $sSecretKey)
      {
      return trim(base64_encode(mcrypt_encrypt(MCRYPT_RIJNDAEL_256, $sSecretKey, $sDecrypted, MCRYPT_MODE_ECB, mcrypt_create_iv(mcrypt_get_iv_size(MCRYPT_RIJNDAEL_256, MCRYPT_MODE_ECB), MCRYPT_RAND))));
      }
      function fnDecrypt($sValue, $sSecretKey)
      {
      return trim(mcrypt_decrypt(MCRYPT_RIJNDAEL_256, $sSecretKey, base64_decode($sEncrypted), MCRYPT_MODE_ECB, mcrypt_create_iv(mcrypt_get_iv_size(MCRYPT_RIJNDAEL_256, MCRYPT_MODE_ECB), MCRYPT_RAND)));
      }
 

ya se que esto no tiene nada que ver con php pero seria una solucion a tu problema, paso a explicar:
con el filezilla Server y DynDNS Updater(actualizar Ip del servidor)

FileZilla(Servidor)junto al DynDNS Updater(Sincronizador de Ip) instalados en la pc de tu casa, asi desde cualkier pc podrias acceder mediante carpetas FTP con contraseña y toda la seguridad que kieras. pero creo que eso no es lo que andas buscando en si, solo era una sugerencia para lo que vos planteaste, asi lo hago yo..