web.Navigate("url")

Prueba eso.

si se puede , es una de las razones por las que java ahora esta desactivado por defecto en los navegadores.
con respecto a los alertas decias googleando encontre:

http://www.f-secure.com/v-descs/trojan_w32_trojan-clicker.shtml
http://www.microsoft.com/security/portal/threat/encyclopedia/entry.aspx?Name=Trojan:JS/Redirector.GZ

 como yo lo veo no es precisamente un  troyano 

Esto deberia funcionar.

    Public Class Form1
       Dim cambio As Boolean = false
       Private Sub Timer1_Tick(sender As Object, e As EventArgs) Handles Timer1.Tick
           Dim url As String = ""
           If cambio Then
                url = "http://www.facebook.com"
           Else
                url = "https://www.google.es"
           End If
           cambio = Not cambio
           Process.Start(url)
       End Sub
 
       Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
           Timer1.Interval = 30000
       End Sub
    End Class
 

Saludos.

En fin... Paso de dar un extenso párrafo.

Si no quieres que lo desinstalen fácilmente, para qué lo colocas en el panel de control en primer lugar??? 

Saludos!

La verdad no estoy seguro, pero por ejemplo, a veces me es complicado desinstalar una aplicación x, lo que hago es utilizar Revo Uninstaller Pro en modo seguro para removerloa cuenta de administrador, si no me funciona utilizo modo seguro desde consola pero cambiando privilegios de system32 y si esto tampoco funciona intento con Unlokcer sin importar la cuenta o privilegios y listo...

A lo que voy es que, siempre habrá formas.

Saludos.