Bien, la verdad no veo lo que decis, comprendo lo que planteas pero llamo a EnumProcessModules y cbNeeded devuelve la cantidad de bytes que se necesitan para listar las librerias correcto? bien, divido la cantidad por 4 y me da el numero de librerias. Ahora hago esto antes y despues de "ocultar" una libreria y lo que veo es que cbNeeded es 4 bytes menos que antes de ocultar la libreria.. lo que quiere decir que hay una menos en la lista.
Podrias poner un ejemplo de lo que estas planteando porque no logro reproducirlo.
EDIT: Aca esta un test que hice, no veo la diferencia excepto por la libreria oculta.
http://uploading.com/files/QX1YSWAD/Hide DLL.rar.html