Eso no es PHP, es javascript (<script></script>).
La respuesta es, no se puede. Las medidas de seguridad de los navegadores impiden cualquier acción directa sobre sus elementos (alert - mostrar una ventana de navegador).
La solución pasaría por crear una "imitación" de un alert. Hay muchos en Internet, es cuestión de buscar.
Ejemplo:
http://www.cssportal.com/blog/css-notification-boxes/
Saludos