Bueno despues de seguir Buscando una solucion, ya la he encontrado
Y Resulto ser una combinacion de ambos
Shellscript con SQL
Bien una forma de quitar rapidamente los \r del archivo txt del Access es la siguiente:
tr -d \\r < ArchivoExportadoDeAcces.txt > ArchivoExportadoDeAcces.txt1
Lo anterior quita el \r que me generaba algunos errores y ademas quita la ultima Linea en blanco
Ahora solo modificamos la sentencia SQL por esto:
LOAD DATA INFILE '/mysql/ArchivoExportadoDeAcces.txt1' INTO TABLE 1Sucursales FIELDS TERMINATED BY ',' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n' IGNORE 1 LINES;
Note que solo cambiamos el
\r por
\n y tambien cambiamos el archivo de entrada
Espero y a alguien le sirva
Saludos.