document.getElementById(capa).innerHTML=ajax.responseText;
$cadena = file_get_contents('pages/page_'.$page.'.php')or die("No se pudo leer la pagina page_" . $page);
echo $cadena;
vee el código fuente generado con javascript en tu web, vee el DOM con firebug y verás que si funciona bién, te apuesto que el problema es que no se ve por los tags <?php ?> ya que eso no se interpreta en html, intenta utilizar carácteres de escape, imprime mejor desde php nl2br(htmlspecialchars($contenido, 'html'));
Si lo que quieres es ver la web entonces hazle include y no file get contents ya que eso obtiene el código fuente del php pero no lo ejecuta, include si lo ejecuta, pero ten cuidado con el lfi, por ejemplo que tal si alguien como página te pide ./../../config.ph donde están las contraseñas de la db y cosas asi?.