Este código utilice para subir la imagen y guardar la url en la base de datos.

 
 
<?php 
 
 
session_start();
include('../dbredhistal/conexion.php');//manda a traer la conexion.php donde se encuentra el codigo de la conexion del servidor y la base de datos
 
$ruta="C:/wamp/www/proyecto_redhistal/imagenes";
$nameimagen=$_FILES['imagen']['name'];
$tmpimagen=$_FILES['imagen']['tmp_name'];
move_uploaded_file($tmpimagen,$ruta."/".$nameimagen);
$ruta=$ruta."/".$nameimagen;
 
           $nombre=$_POST['nombre'];
           $apellidopat=$_POST['apellidopat'];
           $apellidomat=$_POST['apellidomat'];
           $institucion=$_POST['institucion'];
           $pagina=$_POST['pagina'];
            $direccion=$_POST['direccion'];
        $sql  = "INSERT INTO investigador VALUES ('NULL','$nombre','$apellidopat','$apellidomat','$institucion','$pagina','$ruta','NULL','$direccion')";
        $res  = mysql_query($sql) or die(mysql_error());
 
    if ($res){
   echo'<script language="javascript" type="text/javascript">
    alert("Inserccion con exito.");
</script><a href="../investigadores.php">Investigadores</a>';
 
 
    }
 
else{
 
echo'<script language="javascript" type="text/javascript">
    alert("Error, vuelva a insertar sus datos.");
</script><a href="../agregar_investigador.php">Vuelva a insertar los datos correspondientes.</a>';
}?>

Estas usando la ruta C:/wamp/www/proyecto_redhistal/imagenes en el html, por eso no te muestra las imágenes.

Cuál es la ruta base del php que muestra la imágenes www o proyecto_redhistal

$ruta="imagenes/".$nameimagen;

Mejor abre un nuevo tema con tu código completo y error en cuestión. El problema puede ser muy diferente.

El error que muestra es generico, si a caso lo único que dice es que no encuentra un indice 'imagen' en el arreglo. Así que lo único que te puedo decir si es que no pones tu código en un nuevo thread con el error completo, es que tienes una llamada tipo $arreglo['imagen'] en alguna parte de tu código que no es correcta.

Insisto, haz un nuevo thread, pon tu código ahí y el error completo.