Puedes pasarlo a formato CSV, PHP tiene funciones nativas para trabajar con éste formato.

Si no quieres alterar el formato, puedes usar alguna de las muchas librerías para trabajar con Excel en PHP:

_PhpExcel.
_PHP-Excel.
_PHP Excel Reader.
_Read and write Excel data with PHP (Muy interesante).

O usando la API de Google, puedes hacerle consultas al documento Excel como si se tratara de SQL:

_http://code.google.com/apis/ajax/playground/#data_source_request
_http://code.google.com/apis/ajax/playground/#more_query_options (Es más avanzado que el siguiente)
_http://code.google.com/apis/ajax/playground/#using_the_query_language

A éste último ejemplo me refiero: SELECT A,D WHERE D > 100 ORDER BY D.