Hola. Para comprimir archivos en lugar de directorios puedes hacerlo de la siguiente manera:

FileInfo file = new FileInfo("C:\\SourceFile.txt");
 
using (ZipArchive zip = ZipFile.Open("C:\\TargetZip.zip", ZipArchiveMode.Create)) {
	zip.CreateEntryFromFile(file.FullName, file.Name, CompressionLevel.Optimal);
}
 

La librería de clases de .NET Framework no dispone la funcionalidad de asignarle una contraseña. En su lugar puedes utilizar librerías de terceros como SevenZipSharp para archivos 7z, gzip y zip (entre otros), o DotNetZip solamente para zip. Ambos proporcionan la posibilidad de cifrar los archivos mediante una contraseña.

Saludos!