A mi me pasaba algo parecido, y ahora juego a todos los juegos perfectamente, nose si el problema sera el mismo, pero puedes probar con esto que es lo que hice yo:
OPCION1: Si tienes windows de 32bits, bajate el ps3 sixaxis, es una aplicacion muy sencilla, busca "ps3 sixaxis en pc" y te apareceran miles de paginas, te bajas el programa y te apareceran 3 archivos, un instalador, un .dll y un .exe,
lo que tienes que hacer es instalar el "libusb-win32" y una vez hecho eso, conectas el mando ps3 mediante usb al PC, luego ejecutas UNA VEZ el .exe, y le das al boton del centro del mando, te vas a "Dispositivos e impresoras", y configuras el mando de PS3, asi deberia funcionar, sino:
OPCION2: Instalate el motioninjoy, y configuras el mando de ps3 COMO SI FUERA DE LA XBOX, es decir, dentro de motioninjoy no elijas la opcion mando PS3, sino mando XBOX, e igualmente configuras.
Asi se te deberia solucionar.. cualquier cosa comenta

Saludoss !