Buenos días,
estoy realizando una app java de escritorio y he seleccionado la tecnología java y su javafx. Estoy evitando usar el javafx scene builder para tratar de comprender como funciona javafx, ya que no hago apps de escritorio desde tiempos del java swing.

Mi app se muestra a pantalla completa y me he encontrado con el problema de que cuando muestro un popup de tipo Alert(controlfx), la pantalla pierde el foco para dárselo al popup, pero a la vez se muestran los menus de windows o linux, depende donde lo ejecute.
 Es decir, pierde la pantalla completa hasta que cierro el popup.

En la clase main, uso esta instrucción para hacer la pantalla completa.
primaryStage.setMaximized(true);

en la clase donde muestro los popups uso el código más sencillo posible....
 Alert alert = new Alert(AlertType.INFORMATION);
        alert.setTitle(titleBar);
        alert.setHeaderText(headerMessage);
        alert.setContentText(infoMessage);
        alert.showAndWait();

Librerias:
Java 1.8_u211
Probado en windows 7, windows 10, ubuntu 14.04(donde desarrollo)

Espero que alguien pueda darme alguna pista de que puede suceder o algún workarround para solucionar esto 
Gracias, un  saludo a todos