Quizás te pueda servir, la magia esta en la linea 8 usamos una secuencia de escape pero en ASCII la H, implica mover a la parte de arriba de la pantalla o cmd y 2J, implica limpiar la pantalla entera.

Testeao en guidow 7, linux no tengo ahorita, ni siquiera estoy en mi pc 

package com.foro.prueba;
 
import javax.swing.*;
import java.util.stream.IntStream;
 
public class CleanConsole {
 
    private static final String COMANDO_ASCII = "\033[H\033[2J";
 
    public CleanConsole() {
        IntStream.range(1,101)
                .forEach( p -> System.out.println("blablablal"));
 
        final int option = JOptionPane.showConfirmDialog(null,"limpiar consola?","Información",0);
        if(option != 1) {
            quitar$hit();
        }else {
            new Thread(() -> {
                try {
                    System.out.println("Saliendo...");
                    Thread.sleep(3000);
                }catch (InterruptedException ex) {
                }
            }).start();
        }
    }
 
    public static void quitar$hit() {
        System.out.print(COMANDO_ASCII);
        System.out.flush();
    }
 
    public static void main(String ...blablal) throws ClassNotFoundException, UnsupportedLookAndFeelException, InstantiationException, IllegalAccessException {
        UIManager.setLookAndFeel("javax.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel");
        new CleanConsole();
    }
}