Si tira un NPE, pues sí, será que tienes que inicializar la variable. En Java todos los objetos han de inicializarse.

NPE
sicnifica que es un null pointer exception

Ya que estamos, continuo con este thread. No me gusta que el foro se llene porque sí.

Esta vez es algo más complejo (todo el mundo avanza  ). Realmente no sé cómo poner esto, porque yo lo manejo con un proyecto en eclipse, así que intentaré que quede claro.

Como veis, es un 4 en raya. Ahora mismo inserto fichas (solo del color BLANCA para probar) en una matriz, así de simple. El problema que tengo es que no sé porqué me ejecuta dos veces el while. Es como si en la clase Controlador, el comando = in.nextLine(); cogiera el espacio en blanco que hay después de la pregunta "¿Que quieres hacer?" y claro, dice: ¡Comando incorrecto!. Pero después de vuelve a ejecutar ese mismo while, y esta vez sí se para al realizar la pregunta "¿Que quieres hacer?".

Entonces, ¿por qué la primera vez no se para y la segunda vez sí se para? 

Estructura:

paquete control:
     - Clase Controlador
paquete logica:
     - Clase Partida
     - Clase Tablero
paquete main:
     - Clase Main

Código:

package control;
 
import logica.Tablero;
import logica.Partida;
import java.util.Scanner;
 
public class Controlador {
	//Método para los saltos de línea
	public static String nuevalinea = System.getProperty("line.separator");
	//Método para esperar X tiempo
	public void esperar () {
		try {
			//Esperaremos 2 segundos para que el usuario vea qué tipo de instrucciones están ejecutándose
			Thread.sleep (1*2000);
		} catch (Exception e) {
		}
		}
 
	private Partida partida;
	private Scanner in;
	private boolean fin;
 
 
	public Controlador (Partida partida, Scanner in){
		this.partida = partida;
		this.in = in;
		this.fin = false;
	}
 
	public void run(){
 
		while (!fin){
			//muestra turno
			System.out.println(partida);
			System.out.print("¿Que quieres hacer? ");
			String comando;
			comando = in.nextLine();
 
			if(comando.equalsIgnoreCase("PONER")) {
				System.out.print("Introduzca la columna: ");
				int c = in.nextInt();
				System.out.println(nuevalinea);
				boolean mov = this.partida.ejecutaMovimiento(c);
			}
 
/*			else if (comando.equalsIgnoreCase("DESHACER")) {
 
				boolean undo = this.partida.undo();
				if (undo = false){
					System.out.print("¡No es posible deshacer!");
				}
			}*/
 
			else if (comando.equalsIgnoreCase("REINICIAR")) {
				System.out.println("Reseteando el Juego..." + nuevalinea);
				esperar();
				this.partida.reset();
			}
 
			else if (comando.equalsIgnoreCase("SALIR")) {
				System.out.println("Saliendo..." + nuevalinea);
				fin = true;
			}
 
			else {
				System.out.println("¡Comando incorrecto!");
			}
		}
	}
}
 

package logica;
import logica.Tablero.FICHA;
 
public class Partida {
	private FICHA turno;
	private Tablero tablero;
	private boolean terminada;
/*	private int[] undo;
	private int indexUndo;*/
	public final static int FILAS = 6;
	public final static int COLUMNAS = 6;
 
 
	public Partida(){
	  this.tablero = new Tablero(FILAS,COLUMNAS);
	}
 
 
	public String toString(){
		return this.tablero.toString();
	}
 
	public boolean partidaTerminada(){
		return false;
	}
 
	public boolean ejecutaMovimiento(int c){
		if (c <= FILAS) {
			//Habría que poner la ficha referente al turno del jugador, he puesto la blanca solo para ver como funcionaría
			this.tablero.ponFicha(2,c,FICHA.BLANCA);
			//if (this.partida.partidaTerminada()) exit = true;
			return true;
			} else
				return false;		
	}
 
	public void reset(){
		this.tablero = new Tablero(FILAS, COLUMNAS);
	}
 
/*	public boolean undo(){
 
	}*/
 
	private void buscarFila(){
 
	}
 
	private void comprobar(){
 
	}
}

package logica;
import logica.Partida;
 
public class Tablero {
	public enum FICHA {VACIA, BLANCA, NEGRA};
	private int alto; //número de filas del tablero
	private int ancho; //número de columnas del tablero
	private FICHA[][] tablero;  //array tipo FICHA
 
	public String toString() {
		String s = "";
		for (int x = Partida.FILAS-1; x >= 0; x--) {
			for (int y = 0; y < Partida.COLUMNAS; y++) {
				if (this.tablero[x][y] == FICHA.VACIA)  s=s+"O ";
				else if (this.tablero[x][y] == FICHA.BLANCA) s=s+"B ";
				else s= s + "N ";
				}	
			s=s+System.getProperty("line.separator");
		}
		return s;
	}
 
	public Tablero(int nf, int nc) {
		this.tablero = new FICHA[nf][nc];
		this.ancho = nc;
		this.alto = nf;
		for (int x = 0; x < nf; x++) {
			for (int y = 0; y < nc; y++) {
				this.tablero[x][y] = FICHA.VACIA;
			}
		}
	}
 
 
	public void ponFicha(int f, int c, FICHA ficha) {
		//c-1 se pone porque el array empieza en la columna 0
		for (int x = 0; x <= Partida.FILAS; x++) {
			//este bucle empieza a buscar la primera posición VACIA (de abajo a arriba) en la columna que hayas seleccionado, 
			//y coloca la ficha BLANCA en dicha posición
			if (this.tablero[x][c-1] == FICHA.VACIA) {
				this.tablero[x][c-1] = ficha;
				//el break corta la ejecución del bucle
				break;
			}
		}
 
	}
 
	public FICHA colorFicha() {
			return FICHA.VACIA;
		}
 
	public FICHA getFicha(int f, int c) {
		//devuelve la ficha en la posicion (f, c)
		return this.tablero[f][c];
	}
 
	public boolean completo() {
		//devuelve true solo si el tablero esta completo
		//contador!!!
		return false;
	}
 
}

package main;
import java.util.Scanner;
 
import control.Controlador;
import logica.Partida;
 
 
     public class Main {
        private static Scanner in = new Scanner(System.in);
 
        public static void main(String[] args) {
        Partida partida = new Partida();
        Controlador c = new Controlador(partida,in);
        c.run();
        }
     }

Resultado:

Lo siento, olvidé poner que ya he encontrado el fallo. Resulta que al entrar de nuevo en el while, el nextInt() cogía el "enter" cuando lo pulsas.

Dentro del while, así es como quedaría:

		while (!fin){
			System.out.println(partida);
			String colorTurno = "turno de la ficha " + partida.colorFicha(); 
			System.out.println(colorTurno.toLowerCase());
			System.out.print("¿Que quieres hacer? ");
			String comando;
			comando = in.nextLine();
 
			if(comando.equalsIgnoreCase("PONER")) {
 
					System.out.print("Introduzca la columna: ");
					int c = this.in.nextInt();
					this.in.nextLine();

La línea 13 sería la instrucción añadida.