Una forma seria que ha esta clase que supongo que es un JDialog o un JFrame le pasas por el constructor la instancia de la ventana principal clinica, luego cierras la ventana con usando dispose(); en el constructor de esta clase y cuando hagas la accion del siguiente paciente la muestras usando setVisible.
Otra forma y te la recomiendo es que uses JDialog y lo estableces como modal al la ventana principal, eso si quieres que siga visible la ventana principal,claro no podran hacerce modificaciones a la vantana principal hasta que se cierre el dialog. esta clase tienes que heredar de jdialog. y llamas al constructor de la siguiente manera:
public dialog(Clinica clinica{
super(clinica,true);
}
Asi cuando hagas la acción de nuevo paciente solo cierras este dialog.
Espero te sirva
Un saludo.