La fecha/hora de creación, modificación y acceso los guarda el Sistema de Archivos, el archivo en sí solo guarda datos, salvo que el programa que lo modifica esté programado para ello, o tengas algún programa que rastree cambios.

Por otro lado si que puedes comparar bytes diferentes entre dos archivos usando cualquier editor hexadecimal como HxD, WinHex, 010Editor, etc, incluso aplicaciones clásicas como TotalComander tienes esas opciones. Como software especializado y potente en comparaciones de todo tipo tienes a Beyond Compare o WinMerge.

De todas maneras no he visto que se pueda identificar directamente que bytes fueron modificados por fecha y hora, solo queda ver la fecha/hora del archivo y compararlo con otro, de ahí ya se hace luego la comparación del contenido del archivo esperando a que sea legible, sino a buscar la manera de entender los datos ya que el programa que los genera puede intentar hacerlos no legibles normalmente

Lo que quieres hacer se llama diff: https://en.wikipedia.org/wiki/Diff

Pero, para hacer un diff, necesitas el archivo original. Es imposible determinar sólo con el archivo ya modificado; a menos que tengas acceso al codigo que realiza la modificación. En ese caso, puedes analizar el código y así saber qué partes fueron modificadas, resultando en el archivo que tienes.

Saludos!