Saludos,
- Para ser catalogada como Deep Web basta con que el acceso a dicha Web tenga cierta restricción y no esté a la vista de todos. En cierto modo se dice que: "Si no se encuentra con Google, eso forma parte de la Deep Web"
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- Si quieres pensar en Niveles, supongo que el siguiente nivel sería la conocida Dark Web, que bien podría ser la misma Deep Web pero con contenido ilícito, o incluso grupos de Facebook con control de acceso que hacen cosas ilícitas.
- Al final la Web es una Herramienta, y como todo hay gente que la usa como quiere, hay lugares donde solo se puede acceder sabiendo cierta contraseña o con invitación. Piensa en Drive o Youtube que te permite compartir contenido pero con la restricción de que sólo las personas que tenga el Link específico puedan acceder a dicho contenido
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-- Claro que hay diferentes estructuras y protocolos para "ocultar" cosas, tal es el caso de los .onion, esto es como Transmitir Información Cifrada por un canal de radio no estándar, donde el receptor conoce dicho canal y clave para descifrar dicha transmisión.