Las estadísticas que se cuentan generalmente, son de sitios populares que se fijan que browser y que SO usas cuando visitas su sitio Web. Asi que, si tenés un dual boot con linux (o linux en una maquina virtual), pero usas windows para navegar (o el SO de la manzanita), cuenta el Sistema Operativo propietario. La misma técnica se hace para ver cual es el navegador mas utilizado.
En cuanto al contador de linux, no me parece una buena idea y es hasta contraproducente, ya que da la impresión de que somos realmente pocos los que utilizamos este SO, no creo que ni la 8va parte de los usuarios de linux esten contados ahí ni se enteren nunca de esa página. Tampoco hay que hacer caso a las otras estadísticas, que cuentan los usuarios de una distro por la cantidad de veces que esta es descargada.
Y la verdad, tampoco es importante que el mundo se entere de que hay mucha gente usando linux
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P.D: Si, la mayoría de las estadísticas son una porquería, es demasiado costoso hacer una que muestre la realidad, ya que para eso tendrías que entrevistar a todo el mundo u.u
Saludos!