Hola amiguete, pues es natural que te pase eso, la gestion de ventanas en Linux se hace de forma diferente a Winderos, y la maioria de ellos quando le das al X se cierra el proceso en si, sólo hay unos pocos programas que mantienet la famos ( mantener en el painel) uno de los pocos es por ejemplo el jdownloader que tanto en winderos como en linux tiene la opcion de mantener en el panel ese iconito y con el programa corriendo sin ventana gráfica corriendo.

Pero...
 
En Linux hay algunos gestores de ventanas con desktops que en algunos temas de o estilos tienen una opcion que te permite minimizar la ventana de tal forma que solo queda el titulo de la misma , o sea es un cuarto boton en el menu de la ventana misma.
Algunos temas de KDE, Gnome, Xfce y otros traén esa opción.

El métdo para conseguir lo que quieres con amsn o otro no te lo se dar, pero te incito a pesquisar algo más seguro encuentras algo.

Saludos y muy bien venido a tu casa de GNU/Linux - Elhacker.

gracias de todos modos ya lo arregle creo que lo hice poniendo en el panel , o sea, añadiendo la opcion "notificacion".