Entonces sí, totalmente posible ... algunas molestias más, algunas menos dependiendo, pero que poder se puede.
Pensá que cosas como las librerías y binarios son totalmente re-localizables por que basta retocar la config de ld y path por ejemplo ... con el caso de la config (/etc) había que ver como la gestiona cada software, pero de todas formas será un par de parches adicionales en el código, nada más.

Saludos.