La idea es buena, pero las banderas siempre se usan con while, en caso de quererlas utilizar con IF debes al hacer la comprobación hacer un salto con "goto" desestructurando el programa y es algo que si se puede evitar es mejor. Fijate en esta idea:

En la interrupción externa la idea es darle un valor a la bandera, eso lo has hecho bien..pero para que cambias el estado del puerto A? Eso en éste caso deberías hacerlo en el programa principal. Lo ideal es solo dar valores al flag en la interrupción externa.

Fijate en lo que hago, a ver si te sirve de inspiración:

//Condiciones iniciales
bandera =1;
//fin condiciones iniciales
int bandera;
#INT_EXT
void interrupts_ext0(void){
 bandera=0;
// output_a(0xff); Esto no se que es, pero ponlo en la parte principal del programa sea lo que sea.
 }
 
void main{
 
while (bandera){  //si bandera=1 se ejecutará el programa con normalidad
   for(i=0;i<=3&&bandera;i++)
              {output_a(pasos);
              delay_ms(250); }
 
 
          for(i=3;i>0&&bandera;i--)
            {output_a(pasos);
              delay_ms(250); }  
}
output_a(0x00); //esto se ejecutará al activar int externa donde bandera =0
bandera = 1;  // Reseteamos al valor inicial el flag
}
 

Espero que aunque no te funcione bien el programa puesto, no se que es cada salida ni entrada ni el funcionamiento, veas el úso que le doy a la bandera con el while.

Por otro lado, tu programación se le puede corregir unos detalles, acostumbrate a utilizar una primera fase con las condiciones iniciales del sistema contodas las variables y puertos configurados.

-Utiliza la instrucción "tris_X" para determinar si es puerto de entrada o salida.

-Pon las variables declaradas todas juntas en la parte superior del programa.

-Para determinar el estado de un puerto, hay una instrucción llamada "input_state(XX)" donde XX es el puerto y bit de éste. Por ejemplo :

if (input_state(A0) {
} //el bit o del puerto A vale 1
else
{ //el bit o del puerto A vale 0
}

- Último detalle a comentarte, para assignar utiliza =, para comparar ==, eso tenlo presente.

Exacto, es decir pones todo el puerto A a 11111111, pero fijate que lo tienes puesto en el boton de la int externa, es decir al pulsar en tu codigo cambias el flag bandera=1 y pones todo el puerto A en estado alto, donde es mas aconsejable esto último hacerlo en el programa principal.

Una cosa es la declaracion de los puertos como entrada/salida y otra es poner un puerto todo a 0 o 1 (no es lo mismo!). Las declaraciones de los bits de los puertos, para configurarlos como entrada o salida se utiliza la instrucción tris_X, donde X es el nombre del puerto. Esta declaración se hace a principio de codigo, donde se suelen poner eso y las condiciones iniciales.

Si por ejemplo quiero tener todo el puerto A como salida, pondría al principio del programa:

//condiciones iniciales
TRIS_A (0xFF) //declaramos puerto A como salida
output_a (0xFF) //siempre va bien hacer esto, para iniciar el puerto con los pines en el mismo estado ya que a veces se inician mal, lo puedes comprobar en un simulador como proteus.
// fin condiciones iniciales
 
void main(){
//tu programa
}

NOTA:

Depende la libreria, en vez de usar TRIS_X se usa SET_TRIS_X

Por cierto, te funciona el programa sin declarar los puertos como E/S mediante TRIS ???? lo estas usando en un simulador o en el PIC directamente? Lo único que se me ocurre es que uses el CCS con su wizard, donde puedes declarar mediante opciones del wizard que puertos son de E/S sin la necesidad de escribir tu manualmente los TRIS.