Yo trabajo con este software y es una maravilla, todavia tengo problemas con el en algunas cosas que mensionas, pero algunos dise+os me quedan "profesionales".

Solo te puedo responder como rellenar los huecos.  Yo lo hago seleccionando la herramienta "Polygon" y en su dialogo de propiedades modifico todos  los valores a 3 ,1 (ir probando, NOTA: esto si es en el sistema imperial "1mil" "2mil", etc) como el ancho, espacio entre lineas, etc y la forma de dibujarlo lo pongo en "Horizontal".

Por ultimo selecciono del ComboBox la linea que quiero rellenar (el nombre de la conexion) y le doi Aceptar, y procedo a dibujar el poligono que rellene el espacio.

Si no funciona, debes modificar en
Auto Route>Setup

Busca lo relacionado con los Polygonos y especificale que la conexion debe ser Directa y se supone debe rellenar el espacio, aqui te pongo un pcb que yo hice (como muestra) haber si es lo que quieres.



Si no te sale o tienes problemas postea

ahorita ya hay una nueva version del protel ya dejo de llamarse asi ahora se llama altium designer 6 ya que ahora es mucho mas completo de verdad es una maravilla y para mi a titulo personal es el mejor soft para realizar pcbs..creo que tengo un manual dejame ver si te lo consigo

salu2