Funcionalidades en tiempo real, como ya dije. PHP se queda corto en ese sentido, aparte de que existe una librería socket.io que es muy buena para esto de los websockets.
No te sirve el wraper que estabas usando para ajax? Dejas la conexión abierta. Es el funcionamiento que utiliza software como teamviewer para estar disponible a usuarios con redes GNAT. Cuando no detectas actividad o tras X tiempo cierras o reinicias las conexiones.
A parte de esto, solo veo otras 2 opciones a mi parecer razonables. O convinas node.js y php utilizando mysql como punto intermedio de comunicación entre ambos para tenerlos standalone.
O rescribes toda la aplicación en node.js
No sé exactamente que funcionalidades vas a tener. Yo tiraría por rescribir todo. Aprendo más. Tengo más claro lo que tengo que hacer desde el principio asique probablemente el código esté mucho mejor optimizado, repare errores y cosas que pasé por alto porque no entendía al principio. Asimile conceptos que ya no me acuerden. Aprenda cosas nuevas en general.