Las configuraciones del servidor (uso PHP como lenguaje del servidor) las hago de forma dinámica con ini_set pero cual manera debería usar para estas configuraciones de la caché?

header('age: 0');
header('cache-control: public, max-age=0, must-revalidate');
header('content-encoding: gzip');
header('etag: (esa clave larga)');
// o quizás deba usar?
ini_set('age', 0);
ini_set('cache-control', 'public, max-age=0, must-revalidate');
ini_set('content-encoding', 'gzip');
ini_set('etag', '(esa clave larga)');
 

Después está date, pero no estoy seguro si eso haga algo...

$file = 'my_file.php';
$last_modified = filemtime($file);
$etag = md5_file($file);
 
header('age: 0');
header('cache-control: public, max-age=0, must-revalidate');
header('content-encoding: gzip');
header('content-type: text/html; charset=UTF-8');
header('last-modified: '.gmdate('D, d M Y H:i:s', $last_modified).' GMT'); 
header('etag: '.($etag));
 

Creo que ya sería todo...
En resumen, ¿de está manera ya no tendría ese problema? (no sé si esta vez lo apliqué bien)

Esas cabeceras las deberías de aplicar en tu servidor http, vease, apache, nginx litespeed etc... no en PHP ... puesto que estas añadiendo una sobrecarga y solo lo aplicas a archivos PHP.

Saludos

Depende del servidor que uses y los permisos de adminstración que tengas en él.

https://httpd.apache.org/docs/current/mod/mod_headers.html
Si usas un hosting mira su documentación o pregunta si tienen alguna comunidad.