Quiero crear un sistema de usuarios como ejercicio ya que estoy aprendiendo (comenze ayer  ) y tras revisar muchas formas de hacerlo me tope con esta que me parecia simple e interesante:

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html + css= para crear el diseno y estructura de la pagina
PHP = para hacer la transferencia de archivos entre la pagina y la base de datos
MySql = para guardar los datos

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como dije soy bastante novato en el tema de programación de web y me gustaría poder saber si esta es la mejor forma de hacerlo o si hay formas mas simples, mas nuevas, mas seguras o que simplemente sean mejores para aprender....

gracias por adelantado...

Es la forma mas habitual. Puedes usar ASP como lenguaje de lado del servidor y otros motores de bases de datos como Postgresql u otras no relacionales como mongodb...etc.

Te recomiendo la que indicas.

Puedes utilizar un framework de php como codeigniter para ayudarte en la conexion con la base de datos y en tareas mas comunes. CI utiliza active record que te ayudara a realizar las consultas hacia la base de datos.

Pues sirve para tenerlo todo más ordenado. Si estás empezando el sistema de usuarios te recomiendo que empieces con CodeIgniter, es muy fácil y más seguro que programar a pelo, por otro lado, tienes las URls amigables. Además tiene una guía excelente en su web oficial.

Si me equivoco corregidme.

Un saludo.

Como dice @Adrialmend, codeigniter te da una estructura de carpetas por defecto, donde divide cada scripts por carpeta, respetando el MVC.

Programa bajo el modelo MVC (Modelo, vista, controlador) y te ahorraras muchos quebraderos de cabeza. Este metodo secciona el codigo en vistas (html) controladores (logica php) y modelos (consultas a base de datos)