Una pregunta muy ambigua, hay mil cosas que podrian hacer a una web vulnerable cuando usas bases de datos, comienza con lo basico depurando el codigo, revisando las practicas de programacion utilizadas para la creación del sitio (tanto en el backend como en el front), hacer testeos de SQL-injection (por ejemplo con Sqlmap), revisar cuales son los posibles inputs del sitio web que permitirian una potencial inyección de codigo (URLs, forms, cookies), etc..