¿Qué Windows usas? ¿XP, Vista o 7?
A veces eso pasa si eres un usuario con privilegios de administrador, pero no eres el usuario Administrador. Es éste el caso?
Si es como yo digo, prueba con el comando runas:

taskkill /im explorer.exe

runas /user:Administrador explorer.exe

Ahora ejecutarás el Explorador como Administrador.
Si no te funciona, la única opción es haciéndolo como SYSTEM, así:
Suponiendo que ahora son las 17:57 :

taskkill /im explorer.exe

at 17:58 /interactive explorer.exe

Prueba con eso.

Saludos!

Entonces debe ser que tu W7 está configurado de forma "pelotera". Ya no sé más, quizás Rando te lo pueda aclarar.

Saludos!

En consola:


Con eso todo pasa a la propiedad de tu usuario (Admin), y tienes permisos para todo en la carpeta windows y subdirectorios (crear, borrar, modificar) Eso si, el proceso tarda un poco en aplicar los permisos, obvio...