no entiendo porque decis de tener 2 discos duros, uno para el S.O y otro para los archivos
Pues muy facil, los HDD son susceptibles de tener fallos mecanicos o de otra indole, por lo que si solo tienes uno con el Sistema y los datos juntos, aunque tengas dos particiones, en caso de fallo mecanico lo pierdes todo.
Si tienes dos, uno con sistema + programas, y otro con los datos, si falla el de Sistema y tienes que formatear, no pierdes los datos.
Salu2.