¿ que programa y formato me recomendais para poder comprimirlos lo maximo sin perder la poca calidad que ya tienen?
NINGUNO.
No confundas el contenedor (MKV) con lo que es el codec de compresión usado.
Si ya los tienes en MKV lo más seguro es que el video esté codificado en
h264-AVC o
Xvid, y esos serían los codecs que yo te recomendaría sin duda, así que ¿para que volver a hacer la taréa que ya está hecha dentro del MKV?
De todas formas no puedo saber con certeza que codec han usado a menos que des más información del video.
si el que me responde conoce la serie comprendera que 300mb con esa calidad es un escandalo.
Conozco la serie, pero nunca la he visto.
La relación
tamaño/calidad no depende solo de la calidad del video, sino de la duración del video.
si un capítulo de esa serie dura +60 minutos, la relación de tamaño es incluso pequeña (300 mb), y sería una tontería intentar darle menos tamaño (perderías aún más calidad),
si los capítulos duran unos 30 min, entonces te podría dar la razón (Aunque habría que ver la calidad que comentas del video, y los parámetros que han usado en el codec, la verdad).
Y también influye en el tamaño del archivo si tiene más de una pista de audio (multi lenguaje).
¿Has comprobado todo eso? pues hazlo y ya veremos, porque los rippers no suelen hacer un mkv si no es para proporcinarle una calidad bastante alta y añadirle más idiomas, cosa que puedes eliminar en el video para ahorrar bastante peso en el tamaño del mkv.
En resumen, más info del mkv.
http://mediainfo.sourceforge.net/es/DownloadUn saludo!