Pues en teoría, creo recordar (hace que no lo hago) que si haces una copia de seguridad,  luego vas a restaurar el sistema, y utilizas la copia que hiciste, esta todo tal cual. Eso creo que era así cuando tuve que actualizar el sistema.
El restaurar a valores de fabrica, o restablecer ajustes, y luego simplemente instalar Whatsapp...  tengo mis dudas, pero si tuviera que decir, diría que no.