Tu solución puede ser:

1.Formateo
2.Desinstalar los framework con un desinstalador especial

link aquí->http://www.solotrastos.es/?Id=177

Luego reinstalas y voilá. Mano de santo!

Si no va lo mejor es que desinstales todo lo relacionado con las librerías y vuelvas a probar.

No, no es lo mismo, los frmeworks NO se actualizan al poner una versión superior, son independientes.

Si un programa necesita F 3.5 y tienes el 4, no funcionará.

Tienes que primero desinstala el que tengas ahora con la herramienta que te han comentado, y despues instalar Framework 3.5 SP1 Full, este pack te instalará el 2, el 3, el 3.5 y todos los SP de actualización, despues si quieres puedes añadir el 4.

Salu2.