En realidad los ordenadores no arrancan en un "disco", sino en la partición de un disco que se marque como "activa para arrancar"
Cuando se tienen diferentes sistemas operativos en un disco, en el "arranque" no debe de estar la partición de un sistema, sino el gestor de arranque que arrancará la partición que nos interese en cada caso
Poniéndonos un poco pedantes, en realidad hay mas de un arranque. tienes el primero, donde arranca desde BIOS realizando una serie de trabajos previos, entre ellos comprobación y detección de dispositivos. Luego tienes el gestor de arranque del sistema o lo que tu quieres: un gestor de arranque tipo LILO o GRUB
https://es.wikipedia.org/wiki/GNU_GRUBEste te permite seleccionar la partición desde la que arrancará tu sistema (de tu elección)
Posiblemente tu problema es que la zona de arranque, donde debería de estar ese GRUP, LILO o lo que sea ha sido reescrito por el arranque del sistema que tengas en C, posiblemente Windows que tiene la mala costumbre de creerse que "este ordenador es todo todito todo para mi" y machaca sin preguntar cualquier gestor de arranque en demasiadas ocasiones