Si esta dos veces es por 1) lo permitiste al instalarlo y 2) porque son ejecutables distintos. Ahora bien, depende del servicio puede ser un malware o no.

Lo suyo es que la propia app implementase en código ese control comprobando si ya hay una instancia previa en ejecución. Podrías hacer que el acceso directo a esa app1, en vez de apuntar directamente a ella, llamase a una app2 o script que compruebe si está en ejecución la app1 (se recorren los procs en ejecución y se comparan con el que te interesa). Si no está en ejecución, se lanza el proceso.

Posible ejemplo script vbs

exe = "app.exe" 'nombre del exe a comprobar
Set WMI = GetObject("winmgmts:\\.\root\cimv2")
Set Proc = WMI.execquery("select * from win32_process", , 48)
 
For Each p2 In Proc
   If LCase(p2.Name) = LCase(exe) Then
        'en ejecución
        wScript.Quit
  End If
Next
 
'no está en ejecución
Set owsh = CreateObject("WScript.Shell")
owsh.Run exe '(indicar ruta completa si no está en el path del sistema)
Set owsh = Nothing