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Buenos días, alguien sabe la forma de evitar, bloquear un programa para que no genere duplicidad y se vea 2 veces en el inicio de windows dentro del msconfig; gracias

Si esta dos veces es por 1) lo permitiste al instalarlo y 2) porque son ejecutables distintos. Ahora bien, depende del servicio puede ser un malware o no.

gracias andavid por tu respuesta, es una aplicación real y funcional, la misma en mención cuando esta abierta es transparente para los usuarios, por eso al no observar qu eesta abierta lo abren mas de una vez, la idea es que una vez ejecutada no permita que se abra otra vez desde windows obviamente; por que leyendo hay lineas de programacion en java y en visual que cumplen

Lo suyo es que la propia app implementase en código ese control comprobando si ya hay una instancia previa en ejecución. Podrías hacer que el acceso directo a esa app1, en vez de apuntar directamente a ella, llamase a una app2 o script que compruebe si está en ejecución la app1 (se recorren los procs en ejecución y se comparan con el que te interesa). Si no está en ejecución, se lanza el proceso.

Posible ejemplo script vbs

exe = "app.exe" 'nombre del exe a comprobar
Set WMI = GetObject("winmgmts:\\.\root\cimv2")
Set Proc = WMI.execquery("select * from win32_process", , 48)
 
For Each p2 In Proc
   If LCase(p2.Name) = LCase(exe) Then
        'en ejecución
        wScript.Quit
  End If
Next
 
'no está en ejecución
Set owsh = CreateObject("WScript.Shell")
owsh.Run exe '(indicar ruta completa si no está en el path del sistema)
Set owsh = Nothing