Si te permite hacer un checkdisk, debes proporcionarle todos los parámetros adecuados para corregirlo... (tardará mucho tiempo en función del tamaño, de los daños ocasionados y la cantidad ficheros, mucho tiempo es desde 30 minutos hasta 20 horas).
chkdsk c: /f/v/r
donde 'c' es la letra de unidad que te interesa...
Si la partición no es legible o ni siquiera aparece listada, te recomiendo utilizar la herramienta testdisk (conviene leerse su manual, para saber que se está ahaciendo).
https://www.cgsecurity.org/wiki/TestDisk