Disculpa que me meta pero:

¿No es más cómodo instalar el sistema que más se te facilite usar en el 350 GB? Luego instalar en el VMWare o VirtualBox, instalar los SO complementarios y seleccionar como ruta en donde se generarían las máquinas virtuales el disco de 250?

Kali no es recomendable instalarlo.

Primero instalas Windows en su correspondiente disco duro. Luego instalas Ubuntu en el otro. Las particiones de Ubuntu son realmente sencillas: al menos un ext(4) y el punto de montura (/). El swap hoy en día es completamente opcional (a no ser que el PC tenga poca ram o estés acostumbrado a usarla entera). Por tanto, realmente se puede reducir a una sola particion aunque yo suelo recomendar tener el /home en otro lado.

Asegúrate de que durante el proceso de instalación de Ubuntu, se instala el correspondiente GRUB y que en la BIOS tienes puesto para que arranque primero desde el HDD donde tienes puesto Ubuntu.

En un futuro, si necesitas instalar otra distro, simplemente la haces una partición ext(4) y le das el punto de montura necesario.

Saludos